MEDI Baden-Württemberg ist ein eingetragener Verein (e.V.). Die MEDI-Mitglieder sind gleichzeitig in regionalen Praxisnetzen organisiert, die in Form von GbRen bestehen. Die GbRen vertreten die MEDI-Ziele und -Grundsätze unter Berücksichtigung der regionalen  Gegebenheiten vor Ort. Aktuell gibt es in Baden-Württemberg 39 GbRen in  allen Landesteilen.

An der Spitze des Vereins steht der Geschäftsführende Vorstand mit dem Vorsitzenden und 3 Stellvertretern, 1 Vertreter der nichtärztlichen Psychotherapeuten und dem Schatzmeister. Jeden der 4 Regierungsbezirke vertreten je 2 weitere Vorstandsmitglieder.

Im Erweiterten Vorstand von MEDI Baden-Württemberg sind zusätzlich die Sprecher der regionalen GbRen vertreten.