Die bestehende Organisation des MEDIVERBUNDES in flächendeckend angelegten Basisorganisationen (in der juristischen Form von GbRen) mit der Verknüpfung zur MEDIVERBUND AG ist als Keimzelle einer schlagkräftigen Struktur von Haus- und Fachärzten sowie Psychotherapeuten angelegt. Hier können sich die verschiedenen Interessengegensätze innerhalb der Niedergelassenen ausgleichen und zu tragfähigen Lösungen führen. Durch die gleichzeitige Repräsentation der Geschäftsführungen dieser GbRen im Erweiterten Vorstand von MEDI Baden-Württemberg e.V. ist die Transmission der Willensbildung in beide Richtungen gewährleistet. Die GbR vereinigt Elemente der Basisdemokratie mit Elementen einer klaren Führungsstruktur.

Der MEDIVERBUND tritt also sowohl als politische Kraft, wie auch als wirtschaftliches Unternehmen für sich selbst und für Dritte auf. Dies ist gewollt, da nur so eine wirklich unabhängige Position möglich ist. Die MEDIVERBUND AG ist eine selbstständige privatwirtschaftlich tätige Firma, die sämtliche wirtschaftlichen Aktivitäten des MEDI-VERBUNDES organisiert, steuert und durchführt. Sie ist für das operative Geschäft der verschiedenen Verträge und der zusätzlichen wirtschaftlichen Aktivitäten verantwortlich. Nur durch diese Verschränkung von politischer und wirtschaftlicher Tätigkeit ist ein effizientes und langfristiges Handeln des Verbunds gesichert. 

Im bundesweit organisierten Netzverbund MEDI Deutschland sind die regionalen Teilnetze selbstständig, schließen sich damit zu einer Groß-Struktur zusammen, in der die demokratischen Spielregeln gelten. Am Ende eines Diskussionsprozesses steht jeweils eine eindeutige Entscheidung, die von allen Teilnetzen vertreten werden muss. Nur so ist eine verantwortliche Führung möglich, anderenfalls würde die Vielstimmigkeit ärztlicher Verbände im Kleinen reproduziert, was nicht zielführend ist.